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基因工程GMP车间的设计需同时应对“生物安全”与“产品纯度”两大挑战。在生物安全方面，车间需根据基因工程产品的风险等级划分防护区域，例如生产重组蛋白药物的车间需设置生物安全二级防护，配备负压通风系统与生物安
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灯具与顶棚接缝处应采用可靠密封措施.a）给水排水管材应耐腐蚀，安装连接方便.b）水管线路检漏合格净化车间入口处有防鼠设施；净化车间与非洁净区之间应安装压差计；配备人员的洗手、换鞋、消毒设施；不同房间之间有传递窗；安全门旁有手锤，洁
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